С сентября 1940 года работал в Штатном управлении Народного комиссариата финансов СССР в должности старшего экономиста.
Ушел на фронт добровольцем 6 июля 1941 года в Народное ополчение Куйбышевского района города Москвы. Служил в 1291-м стрелковом полку 110-й стрелковой дивизии, затем — в 173-й стрелковой Оршанской Краснознаменной дивизии.
Награжден медалью «За оборону Москвы» Указом Президиума Верховного Совета Союза СССР от 1 мая 1944 года, орденом Красной Звезды от 21 августа 1944 года и орденом Отечественной войны ІІ степени приказом № 0129 от 26 мая 1945 года.
В наградном листе на капитана Седенкова Сергея Дмитриевича, инспектора политотдела по партийному учету 173-й стрелковой Оршанской Краснознаменной дивизии, записано:
«Находясь на фронте Отечественной войны с июля 1941 года, тов. Седенков в течение года, будучи красноармейцем, непосредственно участвовал в боях с немецкими захватчиками на рубежах Наро-Фоминск, Верея, Скугоревы высоты».
