На начальном этапе обороны Москвы, со 2 по 13 октября 1941 г., участвовал в Вяземской оборонительной операции, сорвавшей вражеский план быстрого продвижения к Москве. Оказавшись во вражеском окружении, участвовал в боях по прорыву через линию фронта, 17 октября был ранен и в конце месяца попал в плен. Содержался в различных лагерях военнопленных, в т. ч. в городе Вязьма. В 1944 году находился в шталаге местечка Глубокое в Белоруссии. Постоянный голод и всевозможные меры наказания доводили пленных до крайней степени истощения. Незадолго до освобождения лагеря нашими войсками, Анатолий Подгорнов, находясь в рабочей команде лагеря сумел совершить побег. Немного больше месяца находился он в партизанском отряде и успел принять участие в одной боевой операции, на его счету было два убитых немца. Дорога домой была длинной и не скорой. Последние годы жизни проживал у себя на родине, вел общественную работу в секции ДОСАФ.
